Témavezetés adatlap
Nagy Máté
hallgató
témavezetés címe
Bakteriofágok és gazdaszervezeteikkel való interakcióik vizsgálata bakteriális CRISPR-lókuszok alapján
intézmény
doktori iskola
témavezető
témavezetés módja
egyéni
fokozat típusa
PhD
témavezetés leírása
Az antibiotikum-rezisztencia terjedése miatt sürgetővé vált alternatív terápiák fejlesztése a bakteriális fertőzések ellen, amilyen például a fágterápia. Ugyanakkor a baktériumok – különösen a CRISPR-Cas rendszer révén – képesek védekezni a bakteriofágokkal szemben. Bár ismert, hogy az immunitás specificitása és hatékonysága kompromisszumot kíván, a CRISPR-spacerek diverzitása ezeken a lókuszokon nem tisztázott. A metagenomikai kutatások feltárták a bakteriofágok óriási diverzitását, azonban számos új fág nem sorolható be ismert víruscsoportba, és ezek működéséről, gazdaspektrumáról kevés információ áll rendelkezésre – habár a publikus biológiai adatbázisokban nagy mennyiségű, részben rendszerezett genetikai adat érhető el. Új bioinformatikai megközelítések, például a CRISPR-spacer-alapú gazdapredikció, ígéretes irányt mutatnak ezen vakfoltok feltérképezésére. A PhD-kutatás célja annak vizsgálata, hogy a CRISPR-régiókba épült bakteriofág-szekvenciákban kimutathatók-e következetes mintázatok, valamint a mintázatok feltárásán keresztül a prokarióta–vírus kölcsönhatások mélyebb megértése és a bakteriofágok gazdaszervezeteinek pontosabb predikciója – egy, a fágkutatásban jelenleg is nyitott kérdés megválaszolása érdekében. A hallgató feladatai magukban foglalják a nyilvános adatbázisokból származó adatok rendszerezését, olyan bioinformatikai munkamenetek (pipeline-ok) fejlesztését, amelyek lehetővé teszik a CRISPR-lókuszokon található mintázatok feltérképezését a fágok elleni rezisztencia és a fágok gazdaspecificitásának megértése érdekében, valamint az eredmények kereshető adatbázisba rendezését és értelmezését.
képzés kezdete
2025-09-01
abszolutórium megszerzésének várható ideje
státusz
folyamatban lévő
témakiírás