Témakiírások
Molekuláris növénytaxonómia, filogenetika vizsgálatok
témakiírás címe
Molekuláris növénytaxonómia, filogenetika vizsgálatok
intézmény
doktori iskola
témakiíró
tudományág
témakiírás leírása
A téma kidolgozása során lehetőség van egy jól körülhatárolt taxon (pl. nemzetség, fajcsoport, alcsalád, stb.) vizsgálatára molekuláris taxonómiai módszerekkel: azaz a PhD hallgató a Növénytan Tanszéken rendelkezésre álló infrastruktúra (steril fülke, mikrocentrifuga, gélfuttató és géldokumentációs felszerelés, PCR-készülék, stb.) és vegyszerek használatával elvégzi: 1.) a DNS izolálást a vizsgálni kívánt taxon mintáiból, majd 2.) DNS-szekvenálást, egy (vagy több), korábbi irodalmi előzmények alapján variábilisnak ismert genetikai lókusz PCR-amplifikálását, majd a felszaporított DNS-régió szekvenálását automatikus ciklikus szekvenálással, vagy 3.) AFLP-módszerrel, a teljes DNS-minta emésztésével, majd szelektív amplifikációval, és az ezt követő fluorescens primerrel történő amplifikációval. A kapott variabilitás értékelését klasszikus filogenetikai törzsfa-rekonstrukciós módszerekkel (maximum parszimónia, legnagyobb valószínűség, bayesi elemzés), vagy haplotípus hálózat felállításával, esetleg a genetikai variabilitás partícionálásával, a taxonok közötti genetikai differenciáltság elemzésével (AMOVA) végezheti el.
Lehetőség van a PhD hallgató jelölt által felvetett, taxonómiai szempontból kevéssé ismert, kritikus taxon vizsgálatára, ez esetben jelentős mintagyűjtést is kell végezni. Ugyanakkor a Növénytani Tanszéken rendelkezésre állnak egyes, a témavezető által taxonómiai szempontból érdekesnek ítélt növénycsoportok (Orchidaceae: Himantoglossum s.l., Orchis elegenas, O. palustris, O. laxiflora fajok, Epipactis kisfajok, stb.; Elatine spp., Daphne cneorum s.l., Nymphaea lotus, Pulsatilla pratensis s.latissimo, Erythronium dens-canis, Crocus vernus s.l., stb.) mintái is. Ezek vizsgálatát is választhatja a jelölt. Mindkét esetben előzetes kapcsolatfelvétel szükséges, hogy a vizsgálni kívánt taxonról a jelölt egyeztessen a témavezetővel.
Lehetőség van a PhD hallgató jelölt által felvetett, taxonómiai szempontból kevéssé ismert, kritikus taxon vizsgálatára, ez esetben jelentős mintagyűjtést is kell végezni. Ugyanakkor a Növénytani Tanszéken rendelkezésre állnak egyes, a témavezető által taxonómiai szempontból érdekesnek ítélt növénycsoportok (Orchidaceae: Himantoglossum s.l., Orchis elegenas, O. palustris, O. laxiflora fajok, Epipactis kisfajok, stb.; Elatine spp., Daphne cneorum s.l., Nymphaea lotus, Pulsatilla pratensis s.latissimo, Erythronium dens-canis, Crocus vernus s.l., stb.) mintái is. Ezek vizsgálatát is választhatja a jelölt. Mindkét esetben előzetes kapcsolatfelvétel szükséges, hogy a vizsgálni kívánt taxonról a jelölt egyeztessen a témavezetővel.
felvehető hallgatók száma
1 fő
helyszín
DE Élettudományi Épület, 1.503 "oktatói szoba"
jelentkezési határidő
2013-05-01