Témakiírások
Növényeket fertőző DNS vírusok vizsgálata és jellemzése, magyarországi elterjedésük feltérképezése
témakiírás címe
Növényeket fertőző DNS vírusok vizsgálata és jellemzése, magyarországi elterjedésük feltérképezése
intézmény
doktori iskola
témakiíró
társtémakiíró
tudományág
témakiírás leírása
A növényeket érő biotikus stresszek nagy része az őket fertőző vírusok jelenlétének köszönhető. A vírusok hatással vannak a gazdanövény élettani folyamataira, ami az észrevétlen jelenléttől a gazdasági károkat okozó tünetek megjelenéséig terjed. A legelterjedtebb, pozitív egyszálú genommal rendelkező RNS vírusok mellett egyre nagyobb számban válnak ismertté olyan komoly károkat okozó vírusok, melyek kettősszálú DNS genommal rendelkeznek.
A DNS vírusok életciklusa, replikációja, és gazdanövényre való hatása is eltér a már jól ismert RNS vírusoktól. Nemcsak hatásuk, hanem diagnosztikájuk is kicsit eltérő eszköztárat és módszereket igényel.
Kutatásinkban, különböző gazdanövények viromját nagy-áteresztőképességű szekvenálással (HTS) vizsgálva, a bioinformatikai elemzés számos, a Badnavirus genusba tartozó, DNS vírus jelenlétét jelezte. A vírustalálatok laborban, molekuláris módszerekkel történő visszaigazolása azonban még nem folyik rutin-szerűen. Ezek beállítása és meghonosítása azért is kulcsfontosságú, mert csak használatukkal lehet biztosan megállapítani, hogy a HTS során kapott Badnavirus találatok valódi episzómális vírusokat, vagy a gazda genomjába épült – inaktív vírusokat detektálnak.
A projekt célja különböző gazdanövények mintáiban detektált Badnavirusok jelenlétének vizsgálata PCR alapú technikákkal, rolling-circle amplifikációval. A detektált vírusok molekuláris jellemzése, hazai jelenlétük felmérése és potenciális veszélyük megállapítása.
A pályázó a mintagyűjtéstől az nagy áteresztőképességű szekvenáláson és bioinformatikai elemzésén keresztül az eredmények különböző molekuláris biológiai alapú módszerekkel történő validálásáig részt vesz a munkában. A várható eredmények a növényvédelmi gyakorlat számára is közvetlenül hasznosíthatóak.
A DNS vírusok életciklusa, replikációja, és gazdanövényre való hatása is eltér a már jól ismert RNS vírusoktól. Nemcsak hatásuk, hanem diagnosztikájuk is kicsit eltérő eszköztárat és módszereket igényel.
Kutatásinkban, különböző gazdanövények viromját nagy-áteresztőképességű szekvenálással (HTS) vizsgálva, a bioinformatikai elemzés számos, a Badnavirus genusba tartozó, DNS vírus jelenlétét jelezte. A vírustalálatok laborban, molekuláris módszerekkel történő visszaigazolása azonban még nem folyik rutin-szerűen. Ezek beállítása és meghonosítása azért is kulcsfontosságú, mert csak használatukkal lehet biztosan megállapítani, hogy a HTS során kapott Badnavirus találatok valódi episzómális vírusokat, vagy a gazda genomjába épült – inaktív vírusokat detektálnak.
A projekt célja különböző gazdanövények mintáiban detektált Badnavirusok jelenlétének vizsgálata PCR alapú technikákkal, rolling-circle amplifikációval. A detektált vírusok molekuláris jellemzése, hazai jelenlétük felmérése és potenciális veszélyük megállapítása.
A pályázó a mintagyűjtéstől az nagy áteresztőképességű szekvenáláson és bioinformatikai elemzésén keresztül az eredmények különböző molekuláris biológiai alapú módszerekkel történő validálásáig részt vesz a munkában. A várható eredmények a növényvédelmi gyakorlat számára is közvetlenül hasznosíthatóak.
felvehető hallgatók száma
1 fő
helyszín
MATE-Növényvédelmi Intézet
jelentkezési határidő
2024-05-31