Genomi bioinformatikai módszerek hatékonyságának vizsgálata mikrobiológiai kutatásokban

University of Debrecen

Doctoral School of Pharmaceutical Sciences

Laczkó Levente

pharmaceutics

A bioinformatikai módszerek alkalmazása napjaink a mikrobiológiai kutatásainak egyik sarokköve. A mikroorganizmusok genomszekvenciájának rekonstrukciója által az eddigieknél sokkal nagyobb részletességgel és pontossággal ismerhetjük meg a tanulmányozott szervezeteket és tárhatjuk fel a megfigyelt fenotípusos változatosság genetikai hátterét. A nagy áteresztőképességű szekvenálás elterjedésével napjainkra számos bioinformatikai eszköz áll rendelkezésre a nyersadatok elemzésére és értelmezésére, ideértve a de novo (meta)genomrekonstrukciót és a genomi polimorfizmusok feltérképezését egy referenciagenom alapján. Habár az ilyen típusú elemzések a mikroorganizmusok megismerésének fontos és gyakran elsők között használt eszközei, számos bioinformatikai módszer hatékonysága és adaptálhatósága különböző típusú adatsorokra nem tisztázott. A kutatás célja a de novo genomrekonstrukcióra és a polimorfizmusok térképezésére széles körben használt módszerek hatékonyságának megítélése különböző változók - mint például a genomi sajátságok - függvényében, valamint, a szükségesnek ítélt bioinformatikai fejlesztések elvégzése, amelyek széles körben segíthetik az egyes eszközök használatának hatékonyságát és az elemzések pontosságát.

1

DE Metgenomikai Intézet

2022-12-05