Témakiírások
Gyümölcsfajok vírusdiagnosztikája kisRNS-ek újgenerációs szekvenálásával, a vírusmentesítési folyamat diagnosztikai nyomon követése
témakiírás címe
Gyümölcsfajok vírusdiagnosztikája kisRNS-ek újgenerációs szekvenálásával, a vírusmentesítési folyamat diagnosztikai nyomon követése
intézmény
doktori iskola
témakiíró
tudományág
témakiírás leírása
"A fásszárú növényeket igen sok különböző kórokozó betegítheti meg, melyek közül a vírus és fitoplazma fertőzésekkel szemben nem áll rendelkezésünkre hagyományos növényvédelmi eszköz. A védekezés ez esetben a vektorok elleni növényvédelemre, és, ami még fontosabb a kórokozómentes szaporítóanyag használatára korlátozódik. A vírusmentes szaporítóanyag használatának kulcsa pedig az érzékeny diagnosztikai módszerekben rejlik.
Csoportunk a metagenomika egy speciális ágát a kisRNS-ek újgenerációs szekvenálását alkalmazza vírusdiagnosztikai felmérésre. E módszer használatával képet kaphatunk a Magyarországon termesztett gyümölcsfajok és fajták vírusfertőzöttségéről, meghatározhatjuk, hogy melyek a hazánkban előforduló és problémát okozó vírusok. Ezen eredmények alapján új molekuláris biológiai módszereket dolgozunk ki, illetve optimalizálhatunk, melyekkel e vírusok az eddigi gyakorlatban használt módszereknél érzékenyebben, gyorsabban – hatékonyabban mutathatóak ki. Az optimalizált víruskimutatás lehetővé teszi a vírusmentesítési folyamatok monitoringját, aminek segítségével a mentesítési protokollok folyamatosan optimalizálhatóak. A Csonthéjasok európai sárgulása fitoplazma betegség szinte valamennyi csonthéjas fajon megfigyelhető. Elsősorban a kajszit támadja meg, de jelentős mértékben terjed őszibarackon és cseresznyén a faiskolákban. A tünetek néha ellentmondásosak, a diagnózis nem egyértelmű, de az nyilvánvaló, hogy az általa okozott betegség terjed és egyre több kárt okoz Magyarországon. Felméréseink során így nemcsak a csonthéjas ültetvények vírus, hanem ezzel párhuzamosan fitoplazma fertőzöttségét is meghatározzuk, megállapítjuk a hazánkban előforduló tüneteket okozó és esetleg avirulens törzseket és kimutatásukra terepen is alkalmazható RNS kimutatáson alapuló tesztet fejlesztünk.
A fiatal kutató e kutatásaink során a következő feladatokat végzi majd: mintagyűjtés; RNS, DNS tisztítást; a kórokozó kimutatása PCR reakciókkal, hibridizálással; minta előkészítés az újgenerációs szekvenálásokhoz; a kapott szekvenciák bioinformatikai elemzése; a kapott eredmények visszaigazolása molekuláris módszerekkel; terepen is alkalmazható „field-test” kidolgozása vírus és fitoplazma kórokozó kimutatására; a kórokozó mentesítési folyamat monitorozása molekuláris biológiai módszerekkel."
Csoportunk a metagenomika egy speciális ágát a kisRNS-ek újgenerációs szekvenálását alkalmazza vírusdiagnosztikai felmérésre. E módszer használatával képet kaphatunk a Magyarországon termesztett gyümölcsfajok és fajták vírusfertőzöttségéről, meghatározhatjuk, hogy melyek a hazánkban előforduló és problémát okozó vírusok. Ezen eredmények alapján új molekuláris biológiai módszereket dolgozunk ki, illetve optimalizálhatunk, melyekkel e vírusok az eddigi gyakorlatban használt módszereknél érzékenyebben, gyorsabban – hatékonyabban mutathatóak ki. Az optimalizált víruskimutatás lehetővé teszi a vírusmentesítési folyamatok monitoringját, aminek segítségével a mentesítési protokollok folyamatosan optimalizálhatóak. A Csonthéjasok európai sárgulása fitoplazma betegség szinte valamennyi csonthéjas fajon megfigyelhető. Elsősorban a kajszit támadja meg, de jelentős mértékben terjed őszibarackon és cseresznyén a faiskolákban. A tünetek néha ellentmondásosak, a diagnózis nem egyértelmű, de az nyilvánvaló, hogy az általa okozott betegség terjed és egyre több kárt okoz Magyarországon. Felméréseink során így nemcsak a csonthéjas ültetvények vírus, hanem ezzel párhuzamosan fitoplazma fertőzöttségét is meghatározzuk, megállapítjuk a hazánkban előforduló tüneteket okozó és esetleg avirulens törzseket és kimutatásukra terepen is alkalmazható RNS kimutatáson alapuló tesztet fejlesztünk.
A fiatal kutató e kutatásaink során a következő feladatokat végzi majd: mintagyűjtés; RNS, DNS tisztítást; a kórokozó kimutatása PCR reakciókkal, hibridizálással; minta előkészítés az újgenerációs szekvenálásokhoz; a kapott szekvenciák bioinformatikai elemzése; a kapott eredmények visszaigazolása molekuláris módszerekkel; terepen is alkalmazható „field-test” kidolgozása vírus és fitoplazma kórokozó kimutatására; a kórokozó mentesítési folyamat monitorozása molekuláris biológiai módszerekkel."
felvehető hallgatók száma
1 fő
helyszín
Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet, Diagnosztikai csoport, Gödöllő
jelentkezési határidő
2016-05-31
előírt nyelvtudás
angol közép
további elvárások
Bármilyen szakirányú végzettség: biológus, biomérnök, agrár, vagy kertészmérnök. Mivel a szakirodalom angol nyelvű – annak olvasásához megfelelő angol nyelvtudás alapkövetelmény. Molekuláris biológiai és bioinformatikai gyakorlat előnyt jelenthet, de