Thesis supervisor: Antal Kiss
Location of studies (in Hungarian): MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont, Biokémiai Intézet, DNS-fehérje Kölcsönhatások Labor Abbreviation of location of studies: SzBK
Description of the research topic:
Az emlősök DNS-ében a citozinok egy jelentős része metilált (5-metilcitozin) formában van jelen, mely elsősorban 5’-CG dinukleotidokban található. A promoterek CG helyeinek metilálása más epigenetikus folyamatokkal társulva általában a gén kikapcsolását eredményezi. Az egyedfejlődés, a szövetspecifikus génműködés, valamint egyes betegségek patogenezisének megértéséhez nagyon hasznos lenne, ha a genomban egyes kiválasztott CG helyeket szelektíven tudnánk metilálni. Ez segíthetne az epigenetikus szabályozás és ezáltal a genomban kódolt információ megértésében. Irányított DNS-metiláció kidolgozására több próbálkozás történt, ezek közös alapelve az, hogy a DNS-metiltranszferázt egy szekvenciaspecifikus DNS-kötő fehérje, mint irányítódomén segítségével rögzítik a célzott CG hely(ek) közelében. Irányítódoménként elsősorban cink-ujj fehérjéket (ZFP) alkalmaztak, ugyanis ezek DNS-felismerésének szabályszerűségei olyan jól ismertek, hogy a legtöbb DNS szekvenciára tervezhető ahhoz kötődő ZFP. Az irányítódomént és a DNS-metiltranszferázt genetikai fúzióval kapcsolják egymáshoz. A közölt módszerek azonban nem kielégítőek, elsősorban azért, mert túl magas a háttérmetiláció, azaz nem csak a célzott CG hely(ek) metilálódnak.
Célunk ennek a módszernek a javítása, a specifitást meghatározó faktorok azonosítása és olyan „programozható” MTázok létrehozása, amelyek képesek elvben bármely CG hely szelektív metilálására. Ehhez a munkához modellrendszerként egy CG-specifikus bakteriális DNS-metiltranszferázt (M.SssI) mutánsait ill. olyan fragmentumait használjuk, melyek képesek aktív enzimmé összeállni. Irányítódoménként cink-ujj fehérjéket, triplexformáló oligonukleotidokat valamint a CRISPR/dCas9 rendszert alkalmazzuk ill. kívánjuk a közeljövőben alkalmazni.
A tervezett módszerek az epigenetikus szabályozás kutatásának értékes kísérleti eszközei és terápiás célú fejlesztés kiindulásai lehetnek.
Required language skills: angol Further requirements: Előnynek számít a jártasság az alapvető mikrobiológiai módszerekben és rekombináns DNS technikákban.
Number of students who can be accepted: 1
Deadline for application: 2015-10-13
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Login
