A timidilát szintáz gátló rákterápiás szerek a szintetizálódó genomba masszív uracil beépülést indukálnak, ami sejtciklus feltartóztatáshoz és programozott sejthalálhoz vezet (PMID: 24732946). A kutatócsoportunkban kifejlesztettünk uracil-DNS szenzorokat, melyeket változatos kísérleti elrendezésben használunk a genomi uracil kimutatására, többek között immunoprecipitáláshoz kötött szekvenálási kísérletekben is (U-DNA-Seq, PMID: 26429970). Előzőleg timidilát szintáz inhibitorokkal kezelt vastagbélrák (HCT116) sejtvonalakon határoztuk meg a teljes genomra vonatkozó uracilosodási mintázatokat (PMID: 32956035). Időközben a gyógyszerek által indukált mutagenezisre, illetve az egyes szálú DNS környezetben előforduló uracilra vonatkozóan is születtek eredményeink, ahogy a vizsgált sejtvonalak teljes transzkriptom szekvenálását is elvégeztük. A tervezett PhD munka keretében a jelölt a genomi uracil és a transzkripció kapcsolatát vizsgálná (elsősorban a meglévő modell rendszerünkön) több féle hatást is feltételezve. Először finomítani fogja a különböző szekvenálási adatok elemzését, majd a saját adatokat összeilleszti adatbázisokból szerzett, a replikációs időzítésre és más genomi tulajdonságokra vonatkozó genomi mintázatokkal. Ezen a komplex adatkészleten gépi tanuló algoritmusok bevonásával több paraméteres korrelációs analízist végez. Célunk, hogy olyan géncsoportokat azonosítsunk, melyekben az uracilosodás egyértelmű, de különböző korrelációt mutat a transzkripciós változásokkal. Az NGS-en alapuló adatokat PCR alapú technikákkal, a feltárt korrelációkat pedig immunocitokémiás technikákkal validálja. A gén csoportok promóter elemzésével uracil szenzitív, esetleg uracil-aktivált transzkripciós faktorokat azonosít, melyek közül a legígéretesebbek DNS-kötő specifitását in vitro teszteljük. Az ideális jelölt ezért bioinformatikai, eukarióta sejtes, és PCR alapú munkákban való jártassággal egyaránt rendelkezik vagy a PhD képzése során ezekre szert tesz.
előírt nyelvtudás: angol további elvárások: Bioinformatika, NGS adatelemzés, tanuló algoritmusok, valamint molekuláris és sejtes technikák ismerete szintén előnyös.
felvehető hallgatók száma: 1
Jelentkezési határidő: 2024-05-31
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
