témavezető: Tóbiás András József
helyszín (magyar oldal): Számítástudományi és Információelméleti Tanszék helyszín rövidítés: SZIT
A kutatási téma leírása:
A biológiában a klonális interferencia több előnyös mutáció kölcsönhatása, amelyek egyszerre lépnek fel és versengenek a túlélésért egy egytípusú rezidens populációban. Egy kapcsolódó, folyamatban lévő kutatási projektben bevezettük egy Poisson-folyamat kölcsönható trajektóriáinak egy családját, amely nagy populációméretű populációgenetikai modellek határértékeként lép fel az idő, valamint a mutációk gyakorisága és szelekciós előnye megfelelő skálázása esetén. Ebben az esetben a mutációk gyakorisága olyan, hogy egy adott időpontban véges sok releváns mutáns család között játszik szerepet a klonális interferencia. A határértékként fellépő folyamat a mutáns populációk gyakoriságát írja le logaritmikus skálán; ez egy szakaszonként lineáris folyamat, amely a sikeres mutánsok véletlen születési időpontjainak és szelekciós előnyeinek determinisztikus függvénye.
A témában dolgozó PhD-hallgató a kutatást numerikus eredményekkel és módszertani fejlesztésekkel segítheti az alábbi két terület egyikén vagy mindkettőben:
1. A konvergencia sebességének vizsgálata a skálázott populációgenetikai modell és a határérték összehasonlításával. Létező szimulációs módszerek implementációja és hatékonyságnövelése vagy újak kifejlesztése folytonos idejű, sztochasztikus, egyed alapú modellek (pl. a Moran-modell) szimulációjára, amelyek segítségével nagyobb méretű populációk tanulmányozhatóak.
2. Az említett kutatási projektben megmutattuk, hogy a határértékként fellépő folyamatban jóldefiniált a populáció fittségének növekedési sebessége, de ezen sebesség kiszámítása általában bonyolult. Egy ehhez kapcsolódó informatikai feladat ezen sebesség numerikus vizsgálata, illetve létező heurisztikák (pl. a Gerrish-Lenski-féle és annak finomított változata) tesztelése és újak megalkotása a sebesség egyszerű képletekkel való közelítése céljából.
előírt nyelvtudás: angol felvehető hallgatók száma: 1
Jelentkezési határidő: 2023-01-10
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
