Thesis supervisor: Péter Ferdinandy
Location of studies (in Hungarian): Semmelweis Egyetem Abbreviation of location of studies: SE
Description of the research topic:
A kutatásunk célja, hogy a különböző interaktóm és omikai (globális, nagy áteresztőképességű) forrásból származó adatokat, valamint az elérhető farmakovigilancia adatbázisokat a hálózatanalízis eszköztárát felhasználva egy hálózatelméleti modellben összegezzük, majd ennek segítségével új gyógyszertargeteket azonosítsunk és a kardiovaszkuláris gyógyszerek mellékhatásait felderítsük. További cél a mellékhatások kialakulásában központi szerepet játszó molekulák és kölcsönhatások prediktálása, valamint ezek kísérletes validálása.
A kutatásunk ennek megfelelően két alprojektet fed le:
A mikroRNS-ek rövid (18-24 nt) RNS szekvenciák, melyek mind az mRNS, mindpedig a fehérjeszinten képesek target génjeik expressziójának csökkentésére. Minthogy a mikroRNS-ek több száz targettel is rendelkezhetnek, miközben egy mRNS-t akár több tucat mikroRNS is szabályozhat, a mikroRNS-ek által alkotott posztranszkripciós hálózat rendkívül összetett. Ezért a mikroRNS-ek expressziós profiljában bekövetkező, omikai módszerekkel meghatározott változások hatásának megértéséhez és előrejelzéséhez kifinomult bioinformatikai és hálózatelméleti megközelítések szükségesek.
A kutatás során különféle szív- és érrendszeri megbetegedések kis- és nagyállat modelljeiből származó minták nagy áteresztőképességű molekuláris biológiai vizsgálata (pl. microarray, RNA-seq) során keletkező adathalmazok elemzésére, valamint az ehhez szükséges bioinformatikai keretrendszer felállítására kerül sor, mely alkalmas a vizsgálni kívánt kardiovaszkuláris megbetegedések patomechanizmusában központi szerepet betöltő mediátorok és útvonalak felderítésére.
Ezzel párhuzamosan az elérhető farmakovigilancia és kiegészítő (gyógyszer, interaktóm) adatbázisok leírása és hálózattá szervezése történik. Az összeállított hálózatokat a gyógyszermellékhatások és interakciók kimutatására alkalmas, a jelenlegi diszproporciós analízis hiányosságait kiegészítő hálózattopológiai és hálózatdinamikai megközelítésben elemezzük. Az így kapott modellek különböző interaktómokkal (gén, mikroRNS, fehérje, metabolit) együttesen történő vizsgálatára és dinamikus modell jellemzésére kerül sor, mely alkalmas a kulcs-molekulák prediktálása.
A prediktált mediátorokat, illetve gyógyszer-mellékhatás összefüggéseket in vitro és in vivo módszerek segítségével validáljuk, így bizonyítva a modell hatékonyságát, valamint lehetővé téve a további fejlesztést. Az ilyen módon validált eredményeink új gyógyszercélpontok valamint indikációk kimutatására is alkalmasak lehetnek.
Deadline for application: 2021-02-20
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Login
