Thesis supervisor: Endre Barta
Location of studies (in Hungarian): University of Debrecen Abbreviation of location of studies: DEÁOK
Description of the research topic:
A legújabb funkcionális genomikai technikák, mint a ChIP-seq, a GRO-seq és a C3 módszerek pontos információt képesek szolgáltatni a fehérje-DNS kapcsolódások helyéről, a hiszton módosulásokról, a DNS hurkokról és a magi RNS szintézisről. Ezek a genomszintű vizsgálatok nagymennyiségű nyers szekvencia adatot eredményeznek, mely mind az SRA adatbázisba kerül.
Az alaphipotézisünk az, hogy az aktív gének core promotereihez a DNS térbeli elrendeződését kihasználva távoli enhenszerek kapcsolódhatnak transzkipciós regulációs egységeket (TRUnit-okat) alkotva. Feltételezzük, hogy különböző gének hasonló TRUnit típusokat használnak, melyeket a hozzájuk kapcsolódó enhenszerek száma, távolsága a transzkripciós mintázata, az átfedő hiszton módosulások és a TF specifikus ChIP régiók határoznak meg. Feltételezzük továbbá, hogy a hasonló enhenszerek vagy akár maguk a TRUnit-ok is erős evolóciós nyomás alatt állnak, amit összehasonlító genomikával és polimorfizmus analízissel lehet vizsgálni.
Fő célunk, hogy a publikusan elérhető funkcionális genomikai adatok elemzésével rendszerezzük és jellemezzük a különféle TRUnit-okat. Először a szabályozó régiókat egy átfogó katalógusba foglaljuk (ChIPSummitdb). Az adatbázisnak lesz egy publikus webfelülete, melynek segítségével a kutatók elemezhetik az enhenszereket. Bioinformatikai pipeline-okat fogunk kifejleszteni, melyek kinyerik a TRUnit-okat a ChIPSummitdb adatbázisból és összehasonlítják őket. Végül pedig a TRUnitok evolúcióját vizsgáljuk az egér és a humán mintákból kinyerhető adatok alapján emlősökben. Azt is reméljük, hogy a transzkripció menetével kapcsolatos olyan alap kérdésre is választ találunk mint például hogy hogyan képes a genomszekvencia meghtározni a transzkripciót.
Deadline for application: 2019-05-31
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Login
