"A PhD téma központi célja az RNS biomarkerek prediktív erejének javítása egy hálózatalapú megközelítésen keresztül, amely segít azonosítani a malignus folyamatok mögött álló kulcsfontosságú szabályozó szereplőket. A téma tudományos háttere kompetitív endogén RNS (ceRNS) hálózatok megalkotása transzkriptomikai adatok felhasználásával. Az adatokat rendelkezésre álló nyilvános adatbázisokból és a saját, sejtes rendszerekben elért eredményeinkre alapozva gyűjtjük össze. Az elkészült ceRNS hálózatok alapján foguk meghatározni a legjobb biomarker kombinációkat, amelyek alkalmasak specifikus diagnosztikai célokra.
A ceRNA hálózatok olyan, egymással interakcióba lépő RNS-ekből állnak, amelyek egy közös szabályozó RNS-ért (általában mikroRNS-ért) versenyeznek. Ezek lehetnek azonos szabályozó miRNS-sel rendelkező mRNS-ek, vagy hosszú nem-kódoló RNS-ek (lncRNAs), amelyek képesek több miRNS-sel interakcióba lépni, és ezzel módosítva a cél-mRNS-eik kifejeződését. Fő célpontjaink az lncRNAs biomarkerek, mivel diagnosztikai és prognosztikai erejüket már többszörösen bizonyították, azonban tényleges alkalmazásuk még várat magára.
Alkalmazhatóságuk szempontjából problémát jelent, hogy az lncRNS-ek alkalmazása specificitása korlátozott (általában több daganatban is megváltozott kifejeződést mutatnak), és élettani hatásuk több irányú is lehet (antitumor aktivitással rendelkeznek egy típusú rákban, míg onkogén szerepet töltenek be egy másikban).
A ceRNS hálózaton alapuló megközelítés megoldást kínál ezekre a problémákra, mivel képesek leszünk olyan egyedi kombinációkat létrehozni az lncRNS biomarkerekből, amelyek specifikusak a kiválasztott daganatokra, hatásaik pedig előrejelezhetők a ceRNS hálózatból.
A doktorandusz feladatai közé tartozik a transzkriptomikai adatok bioinformatikai elemzése, ceRNS hálózatok építése és elemzése, valamint a kísérleti eredmények esetleges validálásában való részvétel."
előírt nyelvtudás: angol további elvárások: Alapvető programozási ismeretek (Perl, Python, R).
felvehető hallgatók száma: 1
Jelentkezési határidő: 2024-05-31
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
