témavezető: Szilágyi András
helyszín (magyar oldal): HUN-REN Természettudományi Kutatóközpont, Molekuláris Élettudományi Intézet helyszín rövidítés: H-REN
A kutatási téma leírása:
"A genomszintű asszociációs analízisek több ezer olyan génvariánst tártak fel, amely emberi megbetegedésekkel van összefüggésben, ill. gyógyszerre adott választ befolyásol. A szervezetben keletkező mutációk pedig különösen fontosak, hiszen különböző betegségek, pl. rák kialakulásához vezethetnek. Ha megértjük, hogy a fehérjékben aminosavcserét okozó mutációk hogyan befolyásolják a fehérjék funkcióját, az hozzásegít minket az egyes betegségek patogenezisének megértéséhez. A mutációk megzavarhatják a fehérje feltekeredését, konformációváltozást okozhatnak, megakadályozhatják vagy elősegíthetik ligandumok vagy más fehérjék kötődését. A hatás érvényesülhet nagyrészt a konformációs dinamikán keresztül is: egy mutáció növelheti vagy csökkentheti a fehérje vagy egy része flexibilitását, eltolhatja a konformációs egyensúlyt állapotok között, rendezetlenség-rend átmenetet idézhet elő, megváltoztathatja a merev és flexibilis régiók eloszlását, megzavarhatja a fehérjén belüli allosztérikus kommunikációs hálózatot, mindezzel a fehérjefunkciót befolyásolva.
Kutatási projektünk célja bioinformatikai eszközökkel (pl. fehérjeszerkezetek modellezése, szimulációja) feltárni azt, hogy a mutációk hogyan befolyásolják a fehérjék szerkezetét és dinamikáját, és ennek felhasználásával értelmezni a mutációk betegségben játszott szerepét. A kutatás során több fehérjecsaládra, ill. géncsoportra alkalmazzuk a megközelítést. A mutáció hatásának pontos megértése segíthet terápiás megoldások kifejlesztésében, pl. hatóanyag-tervezésben is. A mutációk mellett a poszttranszlációs módosítások hatását is vizsgáljuk (pl. foszforiláció). A kutatásban mesterséges intelligenciára támaszkodó eszközöket is használunk pl. szerkezetpredikcióhoz, ill. a mutációk patogenitásának predikciójához.
Ebbe a kutatási projektbe kapcsolódhat be a doktorandusz hallgató egy alprojekt megvalósításával, mely magában foglalja a betegségekkel összefüggésbe hozható fehérjevariánsokkal kapcsolatos adatok gyűjtését és feldolgozását genomiális adatbázisokból, egyes fehérjék szerkezeti modellezését és dinamikai szimulációját. A kutatás megvalósítása számítógépes, bioinformatikai eszközökkel történik, így a programozási tudás előny."
előírt nyelvtudás: angol további elvárások: Alapvető programozási ismeretek, pl. Python
felvehető hallgatók száma: 1
Jelentkezési határidő: 2024-05-31
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
