témavezető: Szebeni Gábor János
helyszín (magyar oldal): HUN-REN SZBK Genetikai Intézet, Funkcionális Genomikai Laboratórium helyszín rövidítés: SZBK
A kutatási téma leírása:
A többsejtű szervezetek működéséhez különböző funkcióval rendelkező, specializált sejtek összehangolt működése szükséges. Ennek az egyensúlynak az eltolódása vagy zavara számos betegségben megfigyelhető. A sejtek biológiai funkcióit döntő többségben fehérjék
végzik, így nagyon fontos, hogy sejtszinten tudjuk vizsgálni a fehérjék kifejeződését. Erre alkalmas, a már több évtizede elérhető kutatási technika, az áramlási citofluorimetria, mely fluoreszcensen jelölt antitestek segítségével detektálja a sejtek sejtfelszíni és/vagy intracelluláris fehérjéit. Jelenleg egy BC Cytoflex S (4 lézer), egy BD FACSCalibur (2 lézer) analizátorunk és egy BD Jazz (2 lézer) sejtszorterünk van. Azonban az emissziós spektrumai bizonyos fluoreszcens festékeknek átfednek, így csak néhány fehérjére korlátozódik a vizsgálati lehetőség egy mintában. Ennek kiküszöbölésére született meg az egysejt tömeg citometria, mely esetében a vizsgálni kívánt fehérjét felismerő antitestek stabil és min. 96%-os tisztaságú fémizotóppal jelöltek. A detektálás az egysejt tömeg citometria esetében a fém jelölők tömegének mérésén alapul, ezek tömegei nem fednek át, így nagyságrendileg több, kb. 42 marker együttes vizsgálata lehetséges egy sejtből. A tömeg citométer Magyarországon egyedülálló technika a laboratóriumunkban. Nehéz fémizotópokkal konjugált antitest koktélokkal (n=akár 42 marker/minta) n-dimenziós térben komplex fehérje alapú és egysejtszintű bioinformatikai analízist (Cytobank, Astrolabe, Maxpar
PathSetter) végzünk. Vizsgálataink középpontjában az immunrendszer aktivációjának és szabályozásának a zavarai állnak, ezért humán vér és szövetmintákon fehérjeszintű sejtes és molekuláris vizsgálatokat végzünk. Nagy felbontású egysejt tömeg citométerrel immunfenotipizáljuk a human
perifériás mononukleáris vagy különböző szövetekből, pl. human primer adenokarcinómából izolált sejteket. Biológiai mintánként (páciens vs egészséges kontroll) bioinformatikai összehasonlító elemzést követően az egyes alpopulációk összetett expressziós mintázatát kiértékeljük. Az egysejt alapú fehérje vizsgálati módszerek mellett folyadék biopsziák szolubilis mediátorai mennyiségi meghatározása érdekében Luminex (MagPix) és Legendplex (Biolegend) technológiákat állítottuk be. Molekuláris profilt írunk le, mely felfedheti az egyes patológiákra (rheumatoid arthritis, adenokarcinóma, COPD) jellemző mintázatokat, potenciális terápiás célpontokat vagy új diagnosztikai markereket. A patogenitással asszociált jelátviteli utak feltérképezése érdekében immunaktivációt jellemző funkcionális vizsgálatokat állítunk be, ahol immunmoduláló gyógyszerjelölt molekulák szűrhetők. A laboratóriumunk szolgáltat is és széles hazai és nemzetközi kollaborációs hálózattal rendelkezik kutatócsoportokkal és biotech cégekkel.
előírt nyelvtudás: Angol felvehető hallgatók száma: 1
Jelentkezési határidő: 2024-03-31
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
