témavezető: Ari Eszter
társ-témavezető: Varga Máté
helyszín (magyar oldal): ELTE TTK Biológiai Intézet, Genetikai Tanszék helyszín rövidítés: MTA
A kutatási téma leírása:
Az utóbbi években a zebradánió az orvosbiológiai kutatások egyik különösen sikeres alanyává vált. Számos előnye mellett ugyanakkor ez a faj bizonyos területeken (pl. magatartás neurobiológia) csak megkötések mellett használható, ami felveti egyéb, komplexebb viselkedési repertoárral rendelkező halfajok modellként való alkalmazását. Ahhoz azonban, hogy a legmodernebb genomszerkesztési és transzgenezis technológiákat alkalmazni tudjuk más fajokban, előbb szükségünk az adott fajok részletes genomszekvenciájának meghatározására. A témára felvett hallgató egy labirintkopoltyús halfaj kisméretű genomjának de novo meghatározását fogja elvégezni. A munka során egy komplex megközelítést használunk, ahol különböző szekvenálási eljárások eredményeit fogjuk összesíteni. A genom annotációját génexpressziós adatok segítségével végezzük el, amit ortológ-keresésen alapuló metodológiákkal egészítünk ki. Az új genomot már meglevő, jó minőségű genomokkal is összehasonlítjuk.
Elvárások: a Python és R programnyelvek, valamint a Linux operációs rendszer alapfokú ismerete elvárt. Genom- és/vagy transzkriptóma-elemzési előismeretek előnyt jelentenek. A téma iránt érdeklődők egy Europass-formátumú önéletrajzuk mellett rövid motivációs levelet is küldjenek, illetve két potenciális ajánló elérhetőségét.
előírt nyelvtudás: angol felvehető hallgatók száma: 1
Jelentkezési határidő: 2020-05-31
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
