témavezető: Tar Krisztina
helyszín (magyar oldal): DE ÁOK Orvosi Vegytani Intézet helyszín rövidítés: DEOVI
A kutatási téma leírása:
A proteoszóma az eukarióta sejtek legösszetettebb fehérjebontó enzimkomplexuma. Magrészecskére és szabályozó részecskékre válhat szét. A proteoszóma proteolítikusan aktív részei a magrészecskében vannak, jól elkülönítve e hordó alakú szerkezet belsejében. A lebontásra ítélt peptidek és fehérjék a hordó két végén lévő csatornákon léphetnek be a részecskébe. A proteoszóma aktivitása szigorú szabályozás alatt áll. A konzervált Blm10/PA200 fehérjék a proteoszóma aktiválásában résztvevő aktivátor fehérjék. Képesek a katalítikus maghoz (CP/20S) kötődve azt aktiválni, megkönnyítve a szubsztrát peptidek lebontását. Ezen aktivátor fehérjék sejten belül betöltött feladatáról nem sok ismerettel rendelkezünk.
Feltételeztük, hogy a PA200 nem kizárólag a proteoszóma aktiválásában és specifikus szubsztrátok lebontásában játszik szerepet, hanem transzkripciós szabályozó szerepet is betölthet. Ennek igazolására kromatin immunoprecipitációt végeztünk és chip QPCR-ral kimutattuk, hogy a PA200 közvetve vagy közvetlenül kötődik egyes mitokondriális gének és sejtciklus szabályozásban szerepet játszó gének promoter régiójához és a kötődés a mitokondriális gátlószerekkel történt kezelések hatására változik. A mintákat chip-seq (kromatin immunprecipitációs termék szekvenálása nagy áteresztőképességű genom szekvenátorokon) elemzésre elküldtük a Genomikai Szolgáltató központnak.
Azonosítani tudtunk számos promótert, ahová a PA200 kötődik. A PhD kutatás része lenne azon gének validálása, amelyek promóteréhez a PA200 kötődik. Szeretnénk megvizsgálni, hogy a kötődés transzkripciós aktivitást vagy gátlást eredményez. Ezt quantitatív PCR-ral (a szükséges primerek már rendelkezésre állnal) igazolnánk. Továbbá a kiválasztott promotereket és a PA200 kódoló szekvenciáit klónozzuk, ko-expresszáljuk majd luciferáz aktivitásmérésen alapuló assay-ben meghatározzuk a promoterek által meghajtott luciferáz aktivitását.
Sikerült azonosítanunk egy kötőmotívumot, amit szintén luciferáz assay-vel validálni szeretnénk.
Eredményeinktől azt várjuk, hogy a PA200 nem kizárólag a proteoszóma aktivátor szerepét tölti be, de a DNS-hez közvetlenül vagy közvetve kötődik és transzkripciós szabályozó szerepe van.
előírt nyelvtudás: angol középfok felvehető hallgatók száma: 1