témavezető: Székvölgyi Lóránt
helyszín (magyar oldal): Debreceni Egyetem helyszín rövidítés: DEÁOK
A kutatási téma leírása:
A genom szerveződésének általános alapelve, hogy az örökítő anyag egy limitált térfogatot foglal el, amely hossza sokszorosan felülmúlná az őt tartalmazó kompartment dimenzióit, ha nem szerveződne magasabb rendű struktúrába. A néhány mikrométer átmérőjű sejtmagba hajtogatott DNS-nek és a hozzá kapcsolódó fehérjéknek (kromatin) ugyanakkor biztosítania kell a kromoszómákhoz kötött funkciókat, beleértve a gének időben és térben szabályozott kifejeződését és egyenlő mértékben történő elosztását a sejtgenerációk között. Jelen projektben arra a kérdésre keressük a választ, hogy a magasabbendű kromatin szerkezet alapegységének tartott kromatin hurkok illetve azok evolúciós elődjének tekinthető génhurkok kialakításában milyen cisz- és transz faktorok vesznek részt. Kísérleteinkben megvizsgáljuk, hogy milyen a térbeli eloszlása a kromoszómák mentén a 1) Set1 hiszton metiltranszferáz enzimkomplex (Set1C) alegyégeinek és a Set1C által katalizált hiszton módosításoknak, a duplaszálú DNS töréseknek meiotikusan differenciálódó sejtekben, és különféle nem-hagyományos DNS szerkezeteknek (pl: RNS-DNS hibridek). Ehhez egyrészt „hagyományos” ChIP szekvenáláson (ChIP-Seq) alapuló kísérleteket végzünk, és az eredményül kapott egydimenziós ponteloszlásokat bioinformatikai módszerekkel rátérképezzük a már elérhető, háromdimenziós (Hi-C) genom modellekre. Ezen kívül mi magunk is végzünk proximity ligáció-alapú 3D genomi kísérleteket, hogy kiderítsük az általunk vizsgált faktorok génhurkok ill. kromatin hurkok térbeli szervezésében betöltött szerepét.
Bejelentkezés
