témavezető: Albert Beáta
társ-témavezető: Fejér Szilárd
helyszín (magyar oldal): Csíkszereda helyszín rövidítés: Csík
A kutatási téma leírása:
A fehérjék struktúrájának vizsgálatánál jelen pillanatban a legelfogadottabb módszer az X sugár krisztallográfia, amelyhez viszont a szükséges kristályosítás nehézkes és problémás lehet, és mivel nem fiziológiás körülmények között történik a vizsgálat, a fehérje irreleváns konformációkba mehet át. Natív körülmények között egyetlen módszerrel vizsgálhatjuk a fehérjék szerkezetét, folyékony nitrogénnel fagyasztva TEM-en, azaz ennek egy speciális változatával, cryo-elektronmikroszkóppal. Az eredmény ebben az esetben egy alacsony felbontású elektronsűrűség-térkép, amelyből számítógép segítségével lehet szerkezetet meghatározni.
A szerkezetmeghatározás ADMA (Adjustable Density Matrix Assembler) módszerrel történik. A módszer olyan ab initio kvantumkémiai számításokra lett kifejlesztve, amelyek makromolekulák, főleg fehérjék szerkezetét, annak kisebb részeiből rakják össze. A kisebb, fuzzy fragmensek lokális interakcióit vizsgálva a Mulliken-Mezey séma szerint sűrűség mártixokat képezve kiszámolhatók olyan tulajdonságok mint az elektronsűrűség, elektrosztatikus potenciál, és totál energia.
Az elektronsűrűség alapján matematikai térképek képezhetők (21X41 elemmel), amelyek javíthatók matematikai optimálással. Jelenleg a térkép minden pontját numerikus kódok, Betti számok alkotják, amelyeket csökkenteni akarunk annyira, hogy minden ponthoz csak egyetlen Betti számot rendeljünk. Ezzel csökkentjük az igényelt számítási kapacitást, illetve számítási időt.
Az optimálás sikerességét egy olyan fehérjével ellenőrizzük, amelynek még nem ismert a kris-tályszerkezete.
Jelentkezési határidő: 2017-12-02
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
