témavezető: Dobay Orsolya
helyszín (magyar oldal): Semmelweis Egyetem helyszín rövidítés: SE
A kutatási téma leírása:
Elérni kívánt cél:
Magyarországon - a mi korábbi kutatásainktól eltekintve - nem történt geno- és fenotipizáló módszereket egyaránt használó pneumococcus epidemiológiai felmérés. Néhány nagyobb nemzetközi project kiterjedt kis számú magyar törzsre (<100), amelyek egy centrumból származtak, így nem adhatnak megfelelő képet az országos helyzetről. Célunk ezért hazai pneumococcus izolátumok epidemiológiai vizsgálatának kiszélesítése, a törzsek (elsősorban invazív, ill. hordozott) rezisztenciájának és virulenciájának fenotípusos és molekuláris szinten történő alaposabb megismerése, valamint a rezisztens törzsek klonális eredetének vizsgálata, ezáltal elősegítve a jobb infekciókontrollt és felmérve a forgalomban lévő vakcinák hatékonyságát. Enterococcusok esetén célunk a glikopeptid rezisztencia nyomonkövetése, az állati táplálék-adalékként alkalmazott glikopeptidek hatása a rezisztencia kialakulására.
1. Pneumococcus hordozás felmérése
A pneumococcusok esetében különösen nagy jelentősége van a torokban való hordozásnak, elsősorban a zárt gyermekközösségekben. Ezért szeretnénk legalább reprezentatív mintacsoportokban felmérni magyarországi óvodások pneumococcus hordozását, mivel hazánkban ilyen jellegű vizsgálat még nem történt. Elvégeznénk a törzsek geno- és fenotípusos vizsgálatát (antibiotikum rezisztencia, szerotipizálás, genotipizálás). Később majd újra mintát véve tőlük, meghatározható a hordozás kialakulása, illetve változása a közösségben eltöltött évek során.
2. Invazív törzsek
A pneumococcusok gyakran okoznak invazív fertőzéseket, úgy mint pneumoniát, meningitist, sepsist. Az irodalomban gyakran külön vizsgálják az invazív és nem-invazív törzseket, Magyarországon azonban még eddig nem történt meg elégséges számú invazív törzs vizsgálata. Ugyanakkor ez többek között azért is nagyon fontos lenne, mivel a - nálunk is már 2005 decembere óta forgalomban lévő - konjugált vakcinával elsősorban az invazív törzsek által okozott fertőzéseket próbálják visszaszorítani. Ehhez a munkához Magyarország több gyógyító centrumából szeretnénk kifejezetten invazív pneumococcusokat gyűjteni és ezek geno- és fenotípusos felmérését elvégezni. Az eredményektől függően szükség esetén javaslatot lehetne tenni a konjugált vakcinában lévő, korlátozott számú (7) antigént cseréjére.
3. Makrolid rezisztencia
A makrolid rezisztenciát alapvetően két gén okozhatja: erm(B) és mef. Magyarországon az erm(B) sokkal gyakoribb, ugyanakkor a mef mintha terjedőben lenne. Ezt a terjedést jó lenne nyomon követni az erm és mef gének arányát vizsgálva. Az erm gének általában transzpozonokon helyezkednek el, amelyek különböző helyekre inzertálódhatnak a kromoszómában. Ezért az erm(B)-t körülvevő régiót szeretnénk szekvenálással feltérképezni (walking primers) genetikailag különböző törzsekben, és keresni a választ arra, hogy mennyire változó az inzerciós hely, illetve ez hogyan befolyásolja az erm(B) széleskörű elterjedtségét a magyar populációban. Arra is szeretnénk megtalálni a magyarázatot, hogy miért található az erm(B)-t tartalmazó törzsek között két határozottan elkülönülő rezisztencia szintű csoport.
4. A humán eredetű vancomycin-rezisztens törzsek azonosítása
Mivel az enterococcusok azonosítása kissé körülményes és nem megbízható, ezért az állatorvosi törzseink azonosításánál bevált módszert alkalmazva a humán vancomycin-rezisztens enterococcus (VRE) törzseket species szinten meghatároznánk PCR segítségével. Valószínűleg teljesen más speciesek fordulnak elő a humán mintákban, mint a vágóhídról származó állati eredetű mintákban. A VRE törzsek glycopeptid rezisztenciáját vizsgálnánk feno- és genotípusos módszerekkel. A rezisztencia géneket PCR-el mutatnánk ki.
5. Transzpozonok vizsgálata
A vancomycin és teicoplanin rezisztenciáért felelős gének főleg a Tn1546 transzpozonon találhatók. PCR segítségével a humán és állati eredetű törzsek Tn1546 transzpozonját felszaporítanánk, majd restrikciós enzimmel emésztenénk. Az így kapott eredményekből rokonsági fokot lehet megállapítani, azaz egyértelmű bizonyítékot kapnánk, hogy a humán mintákból kimutatható VRE törzsek rezisztencia génje valóban az állati eredetű minták törzseiből kerültek át.
6. Alacsony szintű vancomycin rezisztencia vizsgálata
Néhány humán Enterococcus törzs fenotípusosan vancomycin rezisztens, de molekuláris módszerekkel még nem sikerült van géneket kimutatni, csak inzerciós elemeket. Ezen inzerciós elemek hatását, szerepüket a rezisztenciában vizsgálnánk tovább plazmid-profil analízissel és specifikus PCR módszerrel. Valószínűleg vagy más van gének fordulnak elő, vagy ezek a gének (van operon) hibásan működnek.
7. A külföldi VRE törzsek összehasonlítása a magyarországi törzsekkel
A hazai törzseket genotípusait összehasonlítanánk Ausztriából, Németországból és az Egyesült Királyságból származó törzsekkel. A kapott eredményekből kitűnne, hogy melyek azok a Tn1546 transzpozonok, amelyek a leggyakrabban előfordulnak ezekben az országokban és van-e közös eredetű törzs.
Alkalmazott módszerek:
• Ab érzékenység: MIC mérés agarhigításos módszerrel, mikrodilúcióval
• Szerotipizálás: agglutinációs és tokduzzadásos antiszérumokkal, PCR-rel.
• Genotipizálás: pulsed-field gél elektroforézis (PFGE), emésztés ApaI és SmaI enzimekkel. MLST – más laborban. Dendrogramok készítése Bionumerics software-rel.
• Génkimutatások PCR-rel: primerek tervezése, PCR ciklusok beállítása, gélfuttatás. Géneket (pl. vanA) hordozó transzpozonok karakterizálása.
• Transzformációs kísérletek: elektroporáció, transzformánsok kiszűrése rezisztencia markerekkel. Transzformációs hatékonyság számolása.
• Szekvenálás: más laborban.
• Génexpresszió vizsgálata: real-time PCR-rel (más laborban), northern blot módszerrel.
felvehető hallgatók száma: 3
Jelentkezési határidő: 2017-10-10
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Bejelentkezés
