Csoportunk a metagenomika egy speciális ágát, a kisRNS-ek újgenerációs szekvenálását alkalmazza vírusdiagnosztikai felmérésre. E módszer használatával képet kaphatunk a Magyarországon termesztett gyümölcsfajok és fajták vírusfertőzöttségéről, meghatározhatjuk, hogy melyek a hazánkban előforduló és problémát okozó patogének. Ezen eredmények alapján új molekuláris biológiai módszereket dolgozunk ki, illetve optimalizálhatunk, melyekkel e vírusok az eddigi gyakorlatban használt módszereknél érzékenyebben, gyorsabban – hatékonyabban mutathatóak ki. A Csonthéjasok európai sárgulása fitoplazma betegség szinte valamennyi csonthéjas fajon megfigyelhető. Elsősorban a kajszit támadja meg, de jelentős mértékben terjed őszibarackon és cseresznyén a faiskolákban. A tünetek néha ellentmondásosak, a diagnózis nem egyértelmű, de az nyilvánvaló, hogy az általa okozott betegség terjed és egyre több kárt okoz Magyarországon. Felméréseink során így nemcsak a csonthéjas ültetvények vírus, hanem ezzel párhuzamosan fitoplazma fertőzöttségét is meghatározzuk. Célul tűztük ki a hazánkban előforduló tüneteket okozó, valamint avirulens törzsek molekuláris alapon való elkülönítését. A fitoplazma fertőzés sok esetben drasztikus fejlődési rendellenességet okozhat, mely jelentős termésveszteséget, továbbá a növény pusztulását eredményezheti. A vírusokkal, valamint fitoplazmával fertőzött növények kis RNS profiljának új generációs szekvenálásával vizsgálnánk, hogy milyen szerepet gyakorol a gazdanövény miRNS-einek képződésére a patogénfertőzés.