Thesis supervisor: Béla Fehér
Location of studies (in Hungarian): Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszék Abbreviation of location of studies: MIT
Description of the research topic:
A gyógyszerkutatási problémák egy jelentős része a természetesen szükséges kémiai-biológiai vizsgálatokon túl, az előkészítő fázisban jelentős mértékű számítástechnikai erőforrásokat igényel. A kiinduló feltevések előzetes ellenőrzése modell kísérletekben, szimulációval történik, melyek sokszor nem oldhatók meg hatékonyan a rendelkezésre álló általános célú számítástechnikai eszközökkel, még a mai nagyteljesítményű processzorok használata, vagy számítási hálózat kialakítása esetén sem. A vizsgálatok gyakran egyszerű, de az adatok igen nagy száma miatt komoly feladatot jelentő realizációja esetleges közvetlen hardver végrehajtó egységekkel javítható.
Egy adott gyógyszerkutatási projektben azon vegyületek számát, amelyek számításba jöhetnek, az határozza meg, hogy mekkora adatbázisokat tudunk hatékonyan kezelni. Az adatbázisok hatékony kezelésére a kémiai vegyületeket úgynevezett bináris ujjlenyomatokkal jellemzik, amely a gyakorlatban egy néhány ezer bit hosszúságú bináris leíró. Minden egyes bit egy adott kémiai molekulaszerkezeti elem meglétét vagy hiányát jelzi. A bináris kémiai ujjlenyomatok kémiailag hasonló molekulák esetén hasonlóak, ezért az ujjlenyomatok közötti távolság (például Tanimoto távolság) alkalmas a molekulák hasonlóság szerinti csoportosítására. Ehhez azonban ki kell számítani az összes molekulához tartozó bináris ujjlenyomat közötti távolságot, amely rendkívül számításigényes.
A korábbi kutatási eredmények alapján nyilvánvaló, hogy ezek a feladatok csak egy új típusú, az adott speciális területen extrém teljesítményű számítási modellel kezelhetők. A jelentősebb kutatóintézetek és számítógép gyártók egy ideje már vizsgálják ezeket az újrakonfigurálható számítási struktúrákat és különböző ígéretes rendszertechnikai megoldásokat ajánlanak a hagyományos és új architektúrák egységes kezelésére.
A kutatási munkának a Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszéken művelhető konkrét alkalmazási területei:
- a nagyteljesítményű számítási architektúrák fejlesztése, az elérhető teljesítményjavulás mértékének elemezése,
- új hatékony algoritmusok kutatása.
A témához kapcsolódó tanszéki együttműködések:
Jedlik Ányos program EVOCHEM7 kutatási projekt,
Silicon Graphics Inc.,
DRC Computer Corp.,
Number of students who can be accepted: 1
Deadline for application: 2015-01-05
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Login
