Thesis supervisor: Árpád Ferenc Kovács
Location of studies (in Hungarian): Semmelweis Egyetem Abbreviation of location of studies: SE
Description of the research topic:
Háttér:
A humán genom az élet egyik legbonyolultabb kódrendszere. Döntően meghatározza az egyéni fenotípus kialakulását, számos megbetegedés kialakulásának kockázatát és várható progresszióját. A genom működésének finomhangolása sejttípusonként, szövetenként eltér térben és időben. A funkcionális genomikai megközelítés magába foglalja a DNS szekvencia meghatározás során azonosítható nukleotidszintű eltérések és strukturális variánsok mellett a gének CpG szigeteinek metilációs mintázat meghatározását, magas felbontású mozaicizmus vizsgálatát és a génexpresszió egy-sejt szintű elemzését, a releváns esetekben.
A III. generációs nanopórus-alapú géndiagnosztikai megközelítés valós-idejű nukleinsav vizsgálatot tesz lehetővé, amely egyidejűleg képes, jelölésmentes módon, a szekvencia és metilációs mintázat meghatározására célzott génszekvencia, génpanel vizsgálat (kb. 100 gén/panel), illetve teljes exom/ genom szekvenálás vizsgálatára. Áramlási citométeres megközelítés kiegészítésével fehérje (és/vagy RNS) egy-sejt szinten vizsgálatható számos patogén génvariáció impaktusa, amely kritikus lehet bizonyos öröklődő kórképek diagnosztikai algoritmusában.
Célkitűzések:
1. Áramlási citometria-alapú egy-sejt szintű enzimaktivitás, valamint hiszton fehérje eltérések, módszertani fejlesztése
A Fabry-betegség gyanújának felmerülésekor az alfa galaktozidáz (AGAL) enzim aktivitásának meghatározása keringő perifériás immunsejtekben (CD4+ T-sejtek, CD14+ Monociták) a nőbetegek szűrésének megoldására egy-sejt szintű módszertan kidolgozása. Az AGAL enzimet kódoló GLA KO és GLA KD Jurkat és THP-1 sejtvonalak létrehozása a pozitív kontrollok kialakításáért a diagnosztikai esszéhez.
A kromatin státusz felmérésére T-sejt alcsoportokban a H3 hiszton specifikus antitestek (pl. H3K4me1 detektálásának) alkalmazásával, amely T-sejt immundiszfunkció vizsgálatára kiemelt jelentőségű lenne.
2. A gén/genom diagnosztika DNS szintű szekvencia és metilációs mintázat egyidejű precíz detektálására alkalmas nanopórus-alapú szekvenálási CRISPR-Cas9 horgonyzással és adaptív mintavételezéssel történő módszertan fejlesztés.
A GLA és GBA gének szekvencia és metilációs mintázat meghatározása a Fabry- és Gaucher betegekben megfigyelhető szubklinikai krónikus gyulladás sejtszintű multiomikai elemzésének részeként végeznénk.
Génpanel vizsgálatok végzése (Long-COVID szindrómára hajlamosító gének szekvenciáinak és metilációs mintázatainak vizsgálata; veleszületett szívfejlődési rendellenességek génpanel vizsgálata)
Ritka genetikai megbetegedések célzott/ magas áteresztőképességű nanopórus-alapú génszekvencia/ metilációs mintázat vizsgálata.
3. Egy-sejt szintű mozaicizmus nagy felbontású vizsgálatára alkalmas egyedi molekuláris azonosítók (UMI) alkalmazásával történő szekvenálása
Középsúlyos long-COVID (kardiális és/vagy központi idegrendszeri) tüneteket mutató gyermekek T-sejtes egy-sejt transzriptomikai vizsgálata
Egy-sejt transzkriptomikai vizsgálatok T-sejtes immundiszfunkció vizsgálatára.
4. Komplex genotípus-fenotípus összefüggések elemzése és klinikai relevanciájának felfedése utánkövetéses vizsgálatokkal
RNS szinten qPCR-alapú gyulladás-asszociált jelátviteli útvonalak vizsgálata keringő immunsejtekben.
Öröklődő megbetegedések részletes humán fenom ontológia (HPO) alapú utánkövetése és multikorrelációs analízise a genotípus adatokkal összevetve.
A célkitűzésekben szerepelő kórképekre, metodikákra vonatkozó ETT-TUKEB engedélyek:
1. Nanopórus-szekvenálás: ETT-TUKEB IV./3531-4/2020/EKU
2. Lizoszomális tárolási megbetegedéseek, egy-sejt szintű enzimaktivitás: ETT-TUKEB IV./728-3/2021/EKU
3. Long-COVID immunológiai és (epi) genetikai vizsgálatai: ETT-TUKEB IV./5736-3/2021/EKU
4. DiGeorge-szindróma utánkövetése, génpanel-vizsgálatok: ETT-TUKEB IV./8613-1/2021/EKU
Deadline for application: 2022-10-10
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Login
