Login
 Forum
 
 
Thesis topic proposal
 
A daganatok (ill. munkacsoportunk profiljának megfelelően elsősorban a humán melanómák) áttétképzését befolyásoló host/tumor eredetű faktorok kísérletes vizsgálata

THESIS TOPIC PROPOSAL

Institute: Semmelweis University, Budapest
theoretical medicine
Doctoral School of Pathological Sciences

Thesis supervisor: Erzsébet Rásó
Location of studies (in Hungarian): SE II. Patológiai Intézet
Abbreviation of location of studies: SE


Description of the research topic:

A gazdaszervezet áttétképzésben betöltött szerepének vizsgálatára beállítottunk egy olyan xenotranszplantációs állatmodellt, amely alkalmas az áttétképzésben szerepet játszó tumor ill. host/környezet (stróma) eredetű faktorok elkülönítésére. Humán melanóma sejtvonalak szuszpenzióját egyidejűleg két, egymástól kizárólag fiziológás paraméterekben különböző scid egér csoportba implantálva mindkét gazdaszervezetben kialakul primer tumor, de áttétképzés csak az egyik csoportban jön létre. Három, genetikailag eltérő human melanóma vonallal elvégzett előzetes vizsgálatunk azt mutatta, hogy csak azon géneket figyelembe véve, amelyek legalább két vonal esetén kétszeresnél nagyobb expressziós változást mutatnak, s ezt a különbséget mintegy „etalonként” használva, igazolható, hogy áttétképzést támogató gazdaszervezet olyan tumorpopulációt szelektál, amelyben többségben vannak az áttétképzésre alkalmas sejtek. Azaz lényegesen több gén expressziójában találtunk szignifikáns eltérést a a kétféle csoportban a primer tumorok génexpressziós mintázatát összehasonlítva, mint az ugyanazon egérből származó primer tumor és annak tüdőáttéte között. Ebben a modellben ráadásul a „zavaró” változók számát igen nagy mértékben sikerült leszorítanunk, hisz genetikailag gyakorlatilag azonos gazdaszervezettel dolgozunk, azonos sejtpopulációból (statisztikailag azonos klón-eloszlással) indulunk, a karcinogenezis esetleges eseményei ugyanarra a genetikai alapra épülnek és feltehetően azonosak is, környezet gyakorlatilag azonos – az különbség köztük teljes mértékben fiziológiásnak tekinthető tumor-környezetbeli eltérésekben van. Mivel ebben a xenograft modellben a tumor humán eredetű, a strómális komponensek pedig a gazdaszervezetből származnak, megfelelő host-specifikus próbákat tartalmazó DNS chip-ek segítségével külön vizsgálhatjuk a „tumor” gazdaszervezetből származó ill. a humán tumorból származó különbségeit összehasonlítva az áttétképző és a nem áttétképző primer tumorból származó gének expressziós mintázatát.
Az összehasonlítást a fentieknek megfelelően egy 20,000 egér gén expresszióját meghatározó Mouse Oligo Microarray (22,575 60-mer oligo) ill. a 41,000 humán gént meghatározó Whole Genome Oligo Microarray (44,000 60-mer oligo) segítségével végeztük el. A leolvasást követően a továbbiakban csak azon gének kiértékelésével foglalkoztunk, amelyek változása mindkét sejtvonal esetén azonos irányú volt (up vagy down) és legalább kétszeres különbséget mutatott. Az eredmények validálása a humán gének egy jelentős hányadán már megtörtént, de mint várható volt, számos olyan “unknown” funkciójú gén ill. EST néha igen nagymértékű változását is sikerült azonosítanunk amelynek nincs “irodalmi háttere”, fiziológiás és a tumor progressziójában betöltött szerepe gyakorlatilag egyaránt ismeretlen. A gazdaszervezet egér eredetű génjeinek ráadásul a humán megfelelőjét is be kell azonosítani és szerepét human (klinikai) mintákon igazolni. A PhD hallgató feladata egy vagy több ilyen gén szerepének teljes feldolgozása lenne a kvantatatív validálástól a funkció kísérletes igazolásáig (pl. kérdéses gén transzfekciója valóban változtatja-e az áttétképzési potenciált, esetleges szerepe más tumorok esetén stb). Annak vizsgálata, hogy nem “vegytiszta” kísérletes feltételek mellett, klinikai mintákon hasonló funkciójuk igazolható-e.
Napjainkban már kétségtelen tény, és saját vizsgálataink számos esetben alátámasztották, hogy a gének alternativ splice variánsai nemcsak szerkezetileg, de funkcionálisan is lényegesen eltérő szerepet tölthetnek be nemcsak a sejt fiziológiás működésében, de a daganatok viselkedésében/progressziójában. Egy-egy splice-mintázat újjlenyomata jellemző lehet adott tumortípusra (pl. CD44 - saját vizsgálatok további igazolásra várnak) ok-okozati összefüggésben lehet a karcinogenezissel és a tumorigén fenotípus fenntartásával egyaránt. A WT1 gén általunk leírt új splice variánsai egyértelműen összefüggésbe hozhatók gyermekkori leukémiák prognózisával/progressziójával. Jelenlétükat azonban leírtuk fej-nyaki tumorokban, emlőrákokban, kolorektális tumorokban, Wilms tumorban és melanómákban is. Mindezen tumorokban azonban funkcionális jelentőségük nem tisztázott, PhD munka alapját képezheti.

Number of students who can be accepted: 3

Deadline for application: 2020-12-06


2020. X. 20.
ODT online ülés
Az ODT következő, online ülésére 2020. november 6-án 10.00 órakor kerül sor.

 
All rights reserved © 2007, Hungarian Doctoral Council. Doctoral Council registration number at commissioner for data protection: 02003/0001. Program version: 2.2358 ( 2017. X. 31. )