Thesis supervisor: György Ferenczy
Location of studies (in Hungarian): Semmelweis Egyetem Abbreviation of location of studies: SE
Description of the research topic:
A számítógéppel támogatott gyógyszertervezés alkalmas a gyógyszerkutatásban hatékonyan alkalmazható molekuláris szintű modellek építésére szerkezeti, biokémiai és biofizikai adatok felhasználásával. A javasolt kutatási téma célja olyan számítógépes protokoll kidolgozása, amely lehetővé teszi a kutatás célfehérjéjéhez kovalensen kötődő fragmens méretű molekulák azonosítását, és a molekulákból gyógyszerszerű tulajdonsággal rendelkező vegyületek fejlesztését.
Olyan eljárást kívánunk kidolgozni, amely különböző kémiai reakciók révén létrejövő kovalens ligandum-fehérje kötés kezelésére alkalmas. A nemkötő (van der Waals és elektrosztatikus) kölcsönhatások, valamint a kémiai kötés kialakulásának együttes értékelése révén kívánjuk meghatározni a ligandum kötődési pozícióját és értékelő pontot rendelni a kialakuló komplexhez. Vizsgálni kívánjuk a reakciókinetika figyelembe vételének lehetőségét kísérleti reakciókinetikai adatok felhasználásával.
A kovalensen kötődő fragmensek vezérmolekula szerű vegyületté való továbbépítését támogató számítógépes eljárást is fejlesztünk. Ennek során az első lépésben azonosított kovalens fragmenseket a fehérje kötőzsebével kialakítható nemkötő kölcsönhatások optimálásával építjük tovább.
A kifejlesztett dokkolási-pontozási eljárást gyógyszerkutatási jelentőséggel rendelkező fehérjecélpontokon kívánjuk alkalmazni és ilyen módon gyógyszerjelölteket azonosítani.
Referenciák:
1. Singh et al. Nature. Rev. Drug Discov. 2011, 10, 307.
2. Allen et al. Med. Chem. Commun. 2014, 5, 180.
3. Mah et al. Bioo. Med. Chem. Lett. 2014, 24, 33
Number of students who can be accepted: 3
Deadline for application: 2019-01-30
2024. IV. 17. ODT ülés Az ODT következő ülésére 2024. június 14-én, pénteken 10.00 órakor kerül sor a Semmelweis Egyetem Szenátusi termében (Bp. Üllői út 26. I. emelet).
Login
