Thesis supervisor: Gábor Firneisz
Location of studies (in Hungarian): Semmelweis Egyetem Abbreviation of location of studies: SE
Description of the research topic:
Háttér: Egy nagyobb, nemzetközi, már korábban megkezdett vizsgálat folytatását és befejezését tervezzük. („Phenotypic and genotypiccharacterisation of individualsbornfromgestational diabetes mellitus pregnancies” - EFSD New HorizonsCollaborative Research InitiativeProgramme 2011). (1)
A 2011-től a SE Biobank hálózatán keresztül kiépülő GDM Biobankban, a SE II. sz. Belgyógyászati Klinikán eddig 1266 materno-fetalisan párosított vérmintát gyűjtöttünk. A biobankban tárolt kollekcióból a genomialis DNS izolálása és 100 feltételezetten hajlamosító, vagy védő génvariáns (SNP) vizsgálata is megkezdődött már, a genotipizálás első eredményei 2015 tavaszára várhatóak. Mindazonáltal a megkezdett (összesen 600) minta elemzésekor tekintetbe kell vennünk, hogy ez valójában eddig ’csak’150 GDM és 150 kontroll terhességet jelent (a minták párosítottak a genotypizálás során is), így az első eredményekből még előzetes megfigyelések is csak korlátozottan történhetnek meg, tekintettel a hajlam kialakulásának ’poligénes’ jellegére .Az ilyen természetű betegségekkel végzett hasonló vizsgálatok eredményei alapján a szükséges lényegesen nagyobb mintaelemszám elérése. A jelentkező PhD hallgató feladata a fenti vizsgálat folytatása lenne, aminek során abba - az általunk kedvezőnek ítélt - helyzetbe kerülhetne, hogy a Biobanki rendszer kiépítése során tapasztalt és a mintagyűjtéssel járó korábbi kihívásokkal már nem szükséges szembesülnie, hanem a kiépített rendszer (személy-mintagyűjtés-vérmintatárolás-GDM DNS biobank-genotypizálás) és a – reményeink szerint – folyamatosan beérkező további genetikai eredmények elemzésére összpontosíthat. A minták rendszerezésével, kódolásával és az időközben folytatódó mintagyűjtéssel, DNS izolálással kapcsolatosan is lesznek majd feladatai.
A genotípus-phenotípus összefüggések vizsgálata 3 főbb szempont szerint valósulhatna meg:
Egyfelől a 77 vizsgált SNP-ből azoknak a polimorfizmusoknak a kiválasztása, amelyek magával a vizsgált betegséggel tárulnak(binarisrendszerben: GDM vs kontroll). Ehhez az elmúlt években a statisztikai munkacsoport által megírt elemző matematikai programok is segítséget jelenthetnek majd, különösen abban a tekintetben, hogy a gyakori betegségekre való hajlamot általában nem egy magányos gén polimorfizmus hordozása vagy hiánya alakítja ki, hanem ezek egyfajta ’együttállása’, így a betegség kialakulásában gén-gén interakcióknak is szerepe lehet.
’Kvalitatívtrait’-ek vizsgálata: a binaris megközelítésen túl, az elmúlt években gyűjtött és rendszerezve archivált, klinikai adatok (mind anyai, mind újszülött) összevetése a genetikai eredményekkel. Ennek keretében esetleg azonosíthatunk olyan génvariánsokat, amelyek pl. az éhomi vércukorszintre lehetnek hatással, addig más polimorfizmusok például a 75g CH OGTT során mért 120 perces plazma glükózértékkel lehetnek kapcsolatban. Természetesen a fenti példa mellett várhatóan további számos érdekes összefüggésre is fény derülhet mind az anyai, mind az újszülöttek vonatkozásában.
A vizsgálatban célzott figyelmet fordítottunk néhány, a szénhidát-anyagcserében és a vizsgált kórkép kórtanában feltételezhetően nagyobb jelentőségű rendszernek, így pl.: az inkretin-tengelynek, vagy a VEGF rendszernek. Ezekben a rendszerekben részt vevő genetikai polimorfizmusok (pl. DPP4, GIPR, VEGFR polimorfizmus) különálló vizsgálatát is tervezzük. Ezt a munkát más PhD hallgatókkal közösen végezhetné a kolléga.
Login
