Thesis supervisor: Balázs Győrffy
Location of studies (in Hungarian): SE-I.SZ. Gyermekklinika Abbreviation of location of studies: SE
Description of the research topic:
A közelmúltban veserák multifokális vizsgálata során teljes genom szekvenálás felhasználásával igazolást nyert, hogy a tumorok a progresszió során klonális evolúció jeleit mutatják (Gerlinger és mtsai, N Eng J Med, 2012). Saját vizsgálataink során parallel evolúciós modellt hoztunk létre, amellyel bizonyítottuk, hogy egyes különálló sejtpopulációkban a kemoterápiás szerekkel szembeni rezisztencia létrejöttének mechanizmusai jelentősen eltérhetnek (Tegze és mtsai, PLoS One, 2012). Eközben egy másik vizsgálatunkban demonstráltuk, hogy független genom-szintű adatok elemzésével azonosított biomarker-jelölteket sikeresen klinikai mintákban is igazolni lehet (Fekete és mtsai, Int J Cancer, 2012).
A klonális evolúció lehetővé teszi, hogy olyan mutációk elterjedjenek a tumoron belül, amelyek szelektív túlélési előnnyel járnak az adott daganatos sejt számára. Microarray alapú mRNS expressziós vizsgálatok alapján azt is tudjuk, hogy a magas kromoszomális instabilitással jellemezhető rosszindulatú daganatos betegek túlélése várhatóan rosszabb lesz különböző tumortípusok esetén is (Carter SL et al. Nat Genet, 2006).
Azonban továbbra is nyitott kérdés, hogy a kromoszomális instabilitás milyen mértékben tud információt adni az intratumorális heterogenitásról, illetve hogy ennek egyáltalán vannak-e a prognosztikai és terápiás következményei. A vizsgálat során célunk integrált mRNS expresszió és / vagy kópiaszám-változás és / vagy szekvencia alapú mérőszám(ok) azonosítása intratumorális heterogenitás mérésére illetve a várható prognózis előrejelzésére szolid tumorokban. A különböző mérési technológiák felhasználását azért tervezzük egyidejűleg, hogy a minták közötti heterogenitás valamennyi szintjéről rendelkezésünkre álljon információ.
Klinikai szempontból különösen fontos a prognosztikai markerek mellett prediktív markerek azonosítása is, ezért (amennyiben elegendő kezelési adat áll rendelkezésre) a kutatási eredményeket az egyes terápiákra való válasz előrejelzésére alkalmas markerek azonosítására fogjuk felhasználni.
A kutatás során egyrészt "wet bench" méréseket fogunk végezni, amelynek során betegekből vett új szövetmintákon illetve sejtkultúrás modelleken fogunk dolgozni, valamint emellett "in silico" elemzést fogunk végezni, amelynek során más csoportok által létrehozott genom szintű adatokat fogunk feldolgozni. Valamennyi kutatásnak a végső célja klinikailag is releváns biomarkerek azonosítása.
Login
