Thesis supervisor: Mária Takács
Location of studies (in Hungarian): Országos Epidemiológiai Központ, Virológiai Főosztály, Enterovírusok Nemzeti Referencia Laboratóriuma Abbreviation of location of studies: OEK
Description of the research topic:
"Magyarországi enterovírus fertőzések elemzése
A XX. század második felében Magyarországon több, esetenként súlyos kimenetelű non-polio enterovírus járvány alakult ki (1976: coxsackievírus A16 okozta kéz-láb-száj betegség járvány, 1978: enterovírus 71 járvány, amely 1550 betegnél savós agyhártyagyulladást és agyvelőgyulladást okozott, és 30 halálesettel járt a hat éven aluli gyermekekben, 1989: az echovírus 11 „prime” törzse 386 gyereknél okozott vérzéses májgyulladást, ami 13 újszülött halálához vezetett).
Az elmúlt évtizedekben az ázsiai, csendes-óceáni régióban számos enterovírus szerotípus okozott járványokat súlyos idegrendszeri szövődményekkel és magas halálozási rátával, különösen az 5 év alatti gyermekekben (pl. Enterovírus 71 okozta járványok 2008: Kína, 2012: Kambodzsa). Számos európai tanulmány igazolta már az Ázsiában cirkuláló genotípusok és terjedési útvonalak ismeretének hasznát és a molekuláris epidemiológiai információk jelentőségét.
A legtöbb és legpontosabb információ egy enterovírus (akár sporadikusan, akár járványosan előforduló) fertőzéssel kapcsolatban molekuláris vizsgálati módszerekkel kapható meg. A kereskedelmi forgalomban hozzáférhető szerológiai tesztekkel - a szerotípusok nagy száma miatt - a vírusoknak csupán egy része mutatható ki, a tesztek pontossága kérdéses.
A PhD munka célja a non-polio enterovírus fertőzések tanulmányozása molekuláris vizsgálati módszerekkel és a kapott adatok elemzése.
Az újonnan beérkező minták esetén a protokollban előírt vizsgálatok történnek (vírus izolálás/molekuláris vizsgálat). A rutinvizsgálatok elvégzése után a kimutatott non-polio enterovírusok tipizálása nukleotid sorrend meghatározással (szekvenálás) történhet. A szekvenált enterovírusok további molekuláris genetikai vizsgálata az adatbázisban rendelkezésre álló információk felhasználásával lehetővé teszi a Magyarországon szórványosan előforduló vagy járványt okozó cirkuláló enterovírusok klinikai, epidemiológiai és filogenetikai elemzését. Az így azonosított vírusok még alaposabb vizsgálata teljes genom szekvenálással lehetővé tenné a víruspopulációk mutációinak dinamikai vizsgálatát. A teljes genom szekvenálás feltárhat olyan egyidejűleg fennálló többszörös enterovírus fertőzéseket is, amelyeket a hagyományos szekvenálás nem. A vírusok esetleges antigenikus változást megmagyarázó genetikai módosulások is ellenőrizhetők ezzel a módszerrrel.
A klinikai kórképekkel és epidemiológiai adatokkal összevetve tanulmányoznánk a mutációk hatását a vírusok fenotípusára. Szükség esetén megpróbálható esetlegesen hiányzó klinikai információk pótlólagos begyűjtése, különösen a fontosnak ítélt minták esetében.
Vizsgálnánk, hogy ugyanazon szerotípusba tartozó enterovírusok okozta megbetegedések különböző klinikai képet mutató (pl. kiütéses vagy idegrendszeri) jellegének van-e és ha igen, milyen az eltérő genetikai háttere.
Mindezeket a vizsgálatokat retrospektív módon is elvégeznénk, az Országos Epidemiológiai Központ Enterovírusok Nemzeti Referencia Laboratóriumába 2010 és2015 között beérkezett mintegy 140 minta esetében. A régebbi mintákhoz tartozó beküldési adatok, klinikai információk az intézet adatbázis-kezelő és nyilvántartó szoftveréből kigyűjthetők.
Nagyfokú ellenálló képességüknél fogva az enterovírusok környezeti mintákban is megtalhatók. Lehetőség szerint, az esetleges jövőbeni járványok ideje alatt gyűjtött felszíni víz mintákból származó vírusok vizsgálatát is tervezzük.
Az elvégzett vizsgálatok eredményeképpen kimutathatóak lesznek a Magyarországon előforduló vírustörzsek hasonlóságai vagy különbségei, illetve így meghatározhatjuk a hazai genotípusok esetleges jellegzetességeit, halmozódását. Ezeket összevetjük a szakirodalomban leírt, különböző országokban kimutatott vírustípusokkal is."
Required language skills: angol Further requirements: "Orvos, biológus vagy biomérnök végzettség,
Jártasság enterovírusok témakörben, laboratóriumi gyakorlat a klasszikus és molekuláris víruskimutatási módszerek alkalmazásában"
Login
