témavezető: Bödör Csaba
helyszín (magyar oldal): SE Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet helyszín rövidítés: SE
A kutatási téma leírása:
A kutatási téma a krónikus lymphoid leukaemia (CLL) genetikai hátterének vizsgálatát célozza meg. Kutatásunk során elsősorban a tumor protein p53 (TP53), illetve az immunglobulin nehézlán-gén (IGHV) gének mutációs státuszának klinikai jelentőségét tervezzük vizsgálni. Ezen paraméterek CLL-ben jelenleg a legfontosabb biomarkerek közé tartoznak, az elmúlt években bekerültek a nemzetközi ajánlásokba, rutinszerű vizsgálatuk értékes prognosztikus, valamint prediktív információt szolgáltat (1).
Ma már ismert, hogy CLL-ben a TP53 defektus valamennyi formája (TP53 gén mutációi, 17p deléció) kemorezisztenciához vezet, ezen elváltozások együtt, de egymástól függetlenül is előfordulhatnak a TP53 deficiens betegcsoportban (2). Magyarországon sokáig csupán a 17p deléciót vizsgálták, ezzel a TP53 defektust hordozó betegek csaknem nem került felismerésre, így munkacsoportunk 4 éve kidolgozta és bevezette az akkor érvényben lévő ajánlások alapján Sanger-szekvenálással történő TP53 mutációanalízis lehetőségét, ezáltal ennek rutinszerű alkalmazása vált lehetővé (3).
Az elmúlt években néhány tanulmány a sejtek kis százalékában előforduló, ún. szubklonális TP53 mutációk klinikai jelentőségét vetette fel, ezeknek akár a klonális mutációkkal megegyező jelentőséget tulajdonítva (4). A szubklonális TP53 mutációk alapjául szolgálnak a CLL-ben jól ismert terápia indukálta klonális evolúciónak, mely később kemorezisztenciához vezet. A jelenleg alkalmazott hagyományos Sanger-szekvenálás 20%-os érzékenységénél fogva nem alkalmas a TP53 mutáns betegcsoport maradéktalan azonosítására, ugyanis a betegek harmada kizárólag szubklonális mutációkat hordoz, melyek kimutatására csak jóval érzékenyebb módszerek, például az új generációs szekvenálással NGS alkalmas (5). Habár a szubklonális TP53 mutációk klinikai jelentősége a kezdeti tanulmányok alapján a klonális mutációkéval, illetve a 17p delécióéval egyenrangú, már megjelent olyan tanulmány is, mely ezt megerősíteni nem tudta (6). A szubklonális TP53 mutációk klinikai jelentősége így továbbra is központi kérdés CLL-ben, kutatásunkban mi is vizsgálni tervezzük.
Egy egész Magyarországra kiterjedő heterogén CLL-es beteg cohort összegyűjtését követően NGS-sel a szubklonális TP53 mutációk gyakoriságát, típusát és génen belüli megoszlását tervezzük elemezni. A TP53 mutációk korai és érzékeny kimutatására a mutációanalízist a TP53 gén teljes kódoló régiójának új-generációs szekvenálásával tervezzük elvégezni. Az eredmények validálására digitális PCR-t alkalmazunk a lehető legtöbb esetben. A bioinformatikai analízis során az úgynevezett vcf fájlok formájában (vcf: „variant calling file”) kapott eredményeket minőségellenőrzést követően a „VariantStudio” rendszer Variant Analysis szoftverével elemezzük ki. Az NGS-sel detektált variánsok annotálása a daganatokban előforduló szomatikus mutációkat tartalmazó COSMIC („Catalogue of Somatic Mutations in Cancer”, http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic), valamint a TP53 mutációkat tartalmazó IARC („International Agency for Research on Cancer, http://p53.iarc.fr/) adatbázisok alapján történik.
A terápia indukálta klonális evolúció feltérképezése végett TP53 mutáció esetén a betegek nyomonkövetését, a vizsgálatok szekvenciális elvégzését is tervezzük NGS segítségével. Ebből következtethetünk majd a különböző típusú és lokalizációjú mutációk esetlegesen eltérő klinikai relevanciájára. A klinikai adatok felhasználásával a TP53 defektus prognosztikus, prediktív szerepét is szeretnénk vizsgálni, ehhez csaknem az összes hazai hematológiai centrummal működünk majd együtt, hogy mind a túlélési, mind a terápiára vonatkozó adatokat tudjuk értékelni.
Végül, de nem utolsó sorban standard diagnosztikus teszteket állítunk be a TP53 és IGHV gének rutinszerű vizsgálatára, ezen mutációk korai és érzékeny kimutatása ugyanis terápiás konzekvenciákkal jár. Ezek digitális PCR- és NGS alapú vizsgálatok lesznek, multiplex formátumban.
Az TP53 státusz mellett IGHV mutációs státusz szintén egy megbízható, sőt stabil prognosztikus marker CLL-ben, amely két rendkívül eltérő klinikai lefolyással bíró betegcsoportot definiál, a mutált („mutated”) IGHV, az IGHV-M és a mutálatlan („unmutated”) IGHV, az IGHV-U (1). Az újonnan megjelent célzott terápiák korszakában az IGHV státusz vizsgálata ismét előtérbe került, ugyanis az IGHV-U páciensek kemoimmunoterápiára rosszul reagálnak, esetükben célzott terápia javasolt. Kiemelendő azonban, hogy a TP53 defektust nem hordozó IGHV-M betegcsoportban kemoimmunoterápiával hosszú távú remisszió, sőt akár az egészséges populációhoz mérhető túlélés érhető el, mely mindkét biomarker ismeretének jelentőségére hívja fel a figyelmet (7). Kutatásunk során vizsgálni tervezzük az IGHV-U és IGHV-M betegcsoportok arányát, illetve ezen biomarker TP53 defektushoz való viszonyát is.
Összességében tehát átfogó képet szeretnénk kapni a jelenleg két legfontosabb genetikai marker, a TP53 státusz és az IGHV státusz eloszlásáról, azok klinikai jelentőségéről egy hazai, országos méretű CLL-es betegpopulációban.
Hivatkozások
1. Hallek M. Chronic lymphocytic leukemia: 2020 update on diagnosis, risk stratification and treatment. Am J Hematol. 2019;94(11):1266-87.
2. Cohen JA, Bomben R, Pozzo F, Tissino E, Harzschel A, Hartmann TN, et al. An Updated Perspective on Current Prognostic and Predictive Biomarkers in Chronic Lymphocytic Leukemia in the Context of Chemoimmunotherapy and Novel Targeted Therapy. Cancers (Basel). 2020;12(4).
4. Rossi D, Khiabanian H, Spina V, Ciardullo C, Bruscaggin A, Fama R, et al. Clinical impact of small TP53 mutated subclones in chronic lymphocytic leukemia. Blood. 2014;123(14):2139-47.
5. Malcikova J, Tausch E, Rossi D, Sutton LA, Soussi T, Zenz T, et al. ERIC recommendations for TP53 mutation analysis in chronic lymphocytic leukemia-update on methodological approaches and results interpretation. Leukemia. 2018;32(5):1070-80.
6. Blakemore SJ, Clifford R, Parker H, Antoniou P, Stec-Dziedzic E, Larrayoz M, et al. Clinical significance of TP53, BIRC3, ATM and MAPK-ERK genes in chronic lymphocytic leukaemia: data from the randomised UK LRF CLL4 trial. Leukemia. 2020;34(7):1760-74.
7. Moia R, Patriarca A, Schipani M, Ferri V, Favini C, Sagiraju S, et al. Precision Medicine Management of Chronic Lymphocytic Leukemia. Cancers (Basel). 2020;12(3).
Bejelentkezés
